La Contabilidad es el centro de registro de las operaciones administrativas, financieras y soporte tributario de esta DGII. De los registros en las cuentas de mayor general y auxiliar se generan los reportes de tesorería, presupuesto, reembolso, nóminas. Se registran en un sistema administrativo y financiero adquirido por la DGII a finales del 2007.