Esta Gerencia se encuentra en el tercer nivel organizacional (Estratégico-Táctico) y depende directamente de la Dirección General.
Departamento de Auditoría Interna: es el responsable de verificar y monitorear la correcta ejecución de los procedimientos operativos dentro de la organización, mediante la ejecución de revisiones de control basadas en gestión de riesgos; para asegurar el cumplimiento con los requerimientos y expectativas de las partes interesadas.
Departamento de Control Previo Financiero: se encarga de velar por la veracidad, exactitud, cumplimiento y aplicación efectiva de los controles contemplados en los procesos necesarios para autorizar, ordenar o expedir las órdenes de pago en cualquiera de sus modalidades, de acuerdo al marco legal vigente.
Departamento de Investigación de Denuncias: es el responsable de recibir, analizar y realizar las investigaciones de denuncias, relacionadas con conductas o prácticas cuestionables, actividades que incumplan las normas, políticas internas o el Código de Ética institucional, realizadas en contra de personas que sean o hayan sido empleados de la Dirección General de Impuestos Internos al momento de ocurrir el hecho denunciado.
